Moterų rankinio komanda „Eglė“ buvo įkurta 1974 metais. Tuometinės savanoriškos sporto draugijos „Nemunas“ vadovams Algirdui Dauguviečiui, Kleopui Girdžiui skiriant dėmesį šiai sporto šakai, suradus dalykiškus šefus, Respublikinį tarpkolūkinį statybos organizacijų susivienijimą, padedant jos vadovams Algirdui Baltušiui ir Romualdui Vaičiuliui buvo sukurtas organizacinės struktūros pamatas. Šių organizacijų darbuotojai Grigorijus Gutermanas ir Juozas Pilkauskas negailėdami savo jėgų subūrė naują Vilniaus „Eglės“ moterų komandą ir kartu su ja pasiekė puikių rezultatų. Su komanda dirbo žinomi Lietuvos treneriai Aneta Barisienė, Antanas Kerulis, Vytautas Griškevičius, Antanas Taraskevičius, Rimantas Stankevičius. 16 metų ištikimai ir sėkmingai komandai vadovavo Stasys Ilikevičius. 1988 m. IHF Taurės laimėtojos Per savo klubo istoriją „Eglės“ rankininkės ne vienerius metus garsino tiek Lietuvą, tiek Vilniaus miestą. 1988 metais laimėta prestižinė tarptautinės rankinio federacijos IHF Europos taurė. 1982 m. ir 1989 m. buvo žaista IHF Europos taurės turnyro finale ir varžovėms nusileista tik po atkaklių dvikovų. Rankinio komanda „Eglė“ buvusios Tarybų Sąjungos čempionatuose nuolat kovodavo dėl medalių: 1981 m. ir 1987 m. iškovoti bronzos medaliai, o 1989 m.- 4 vieta, 1978 m., 1984 m. ir 1988 m.- 5 vietos. 1990/1991 metų sezono Tarybų Sąjungos moterų rankinio čempionate „Eglės“ komanda buvo 3 vietoje, tačiau atkūrus Lietuvos nepriklausomybę, komanda dėl suprantamų priežasčių šių varžybų nebaigė. Ekonomiškai ir struktūriškai pertvarkant naują nepriklausomą Lietuvos valstybę sportas liko nuošalyje. Ypač nukentėjo komandinės sporto šakos, tarp jų ir moterų rankinis. Daugelis „Eglės“ komandos žaidėjų beregint buvo išgraibstytos garsių Europos šalių klubinių komandų. Ne viena „Eglės“ žaidėja savo karjeroje pasauliniame lygmenyje pasiekė didelių laimėjimų. Sigita Mažeikaitė-Strečen 1980 m. tapo olimpine čempione, 1982 m.- pasaulio čempione, Aušra Miklušytė-Fridrikas 1990 m iškovojo pasaulio čempionės vardą, o 1999 metais buvo pripažinta geriausia pasaulio rankininke. Vida Katarskytė-Taurienė, Ramunė Vilimaitė-Lukšienė, Loreta Obručaitė-Ivanauskienė, Daiva Kalauskaitė-Zinkevičienė, Aušrelė Miklušytė-Fridrikas, Jolanta Žemaitytė-Jankevičienė, Rima Kužimova-Sypkuvienė 1979-1987 metais yra iškovojusios pasaulio jaunimo čempionių vardus. 1991 m. atkūrus Lietuvos nepriklausomybę ir į užsienio klubus rungtyniauti išvyko geriausios moterų rankinio klubo „Eglė“ žaidėjų, teko komandą komplektuoti iš naujo, rūpintis treniruočių vieta, ieškoti rėmėjų. Iniciatyvos ėmėsi, klubo vadovu tapęs, vienas iš jo įkūrėjų Juozas Pilkauskas, antrojo trenerio-administratoriaus pareigas pradėjo eiti žinomas rankinio žaidėjas Juozas Žala, vėliau tapęs klubo vadovu ir vyriausiuoju treneriu. Vėliau komandos vyr. trenere pradėjo dirbti ilgametė „Eglės“ žaidėja Laima Kavaliauskienė. Komandai labai padėjo RSRC, Lietuvos rankinio federacijos direktoratas, VPU (sporto centras). Nuo 1990 metų moterų rankinio komanda „Eglė“ 1990-2000 m., 2002 m., 2004-2010 m. tapo Lietuvos čempionėmis, 1990-1998 m, 2000-2004 m., 2006-2007 m. ir 2010 m. Lietuvos taurės laimėtojomis.
2016 metais komandos vairą perėmus treneriui Karolui Kaladinskui, rezultatai ėmė kilti. Komanda nuolat yra Lietuvos moterų rankinio čempionatų prizininkė, LRF taurės laimėtojos, Baltijos lygos laimėtojos.
Komanda ne tik ugdo savo jaunąją pamainą, klubo garbę gina 2009, 2010, 2011, 2012 metais gimusios mergaitės, kurios yra Lietuvos čempionės ir prizininkės.
Tarp Lietuvos moterų rankinio rinktinės kandidačių nuolat būna 5-7 „Eglės“ klubo žaidėjos bei vyriausiasis treneris Karolis Kaladinskas bei jo asistentai.
Komandą nuolat papildo perspektyvios rankininkės, kurios dažniausia sportuoja ir mokosi Vilniaus Ozo gimnazijoje. Klubas deda dideles pastangas, kad grąžintų moterų rankinį ir „Eglės“ komandą į pasaulio rankinio elitą.